ちょっと必要に迫られてこんなハック(っていえるのかな)をやってみました。

functions.phpの726行目あたり。

$xoopsMailer->setSubject(_CC_NOTIFY_SUBJ);
↓
$xoopsMailer->setSubject(get_attr_value(null, 'reply_subject')?get_attr_value(null, 'reply_subject'):_CC_NOTIFY_SUBJ);

オプション変数としてreply_subjectを用意し、これに文字列が割り当てられていればそれをメールの題名にし、
何も割り当てられていなければ初期設定のもの(_CC_NOTIFY_SUBJ)が使われるというようにしたつもり、です。
自分のやりたかったことは、とりあえずこれでできているようです。