「別名:alias」と言う概念は判るのでしょうか?
本名とは別の名前を持っているだけで、同じ実体を指します。
同じものですから、元サイトを削除すれば両方が消えます。

別名でしかアクセスさせたくないのであれば、リダイレクトや拒否するなり設定を行えば良いでしょう。
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Nobuhiro YASUTOMI (MySite Users Webmaster)