フォーム編集の「オプション変数」の設定で、「その他の変数」として
from_confirm_tpl=custom_confirm.tpl
のようにファイル名を指定し、ccenter/language/<あなたの言語>/mail_template/custom_confirm.tmpl にメールのテンプレートファイルをアップロードします。

元のテンプレートは form_confirm.tpl なのでアップロードするファイルはそれを参考にしてください。