Excel 形式は、XML 出力なので UTF-8 固定の方が良いのかな。

export.php 内 (最後の方) の _MD_EXPORT_CHARSET 指定を、"UTF-8" と書き換えればよいでしょう。
-    echo mb_convert_encoding($contents, _MD_EXPORT_CHARSET, _CHARSET);
+    echo mb_convert_encoding($contents, "UTF-8", _CHARSET);
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安冨　伸浩 (マイサイト管理人)