> 1，申込者へのメール通知内容を振り分けたい。

私なら、functions.php の function order_notify() をハックしてテンプレートを切り替えるように改造するかな。(accept.tpl が受付時のテンプレート)

> 2，管理者へのメール送信先を振り分けたい。

これは担当者を変えることで済む話ではないでしょうか?
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Nobuhiro YASUTOMI (MySite Users Webmaster)