はじめまして、eGuide2.xに関してなのですが

1.ユーザーの予約に制限

ほぼ毎日予約のワクが複数ある状態で使用するとして登録ユーザーのみ予約ができる状態にしています。
ユーザーひとりあたり1日n回予約ができるというカスタマイズは可能でしょうか？

自分で考えた方法はFLATDATAを利用してフラグを立てる等考えたのですが、eGuide単体でどうにかならないかなと考えています。

2.日付、時間入力のカスタマイズ

eguide/admin.phpの「イベント開催日」の項目で、時間の部分を学校の時間割りのようにプルダウンで数種類用意したいと思っています。（例：18：00-18：30などを複数）
テンプレートを見てみたのですが、どこを変更すればいいのかわかりません・・・。
デフォルトの日時入力フォームを置き換えでも、追加でもいいと思っています。

よろしくお願いします。

php でコードを書くなら何でも可能でしょうが、そうでないなら無理ですね。時間の枠をつけるような機能はありませんので。

フォームの方は、テンプレート eguide_admin.html の <{$input_edate}> を適当なもの (展開済みの HTML) に置き換えてしまえばよいでしょう。