今のところ、同じテンプレートを使うようにしています。
そうしなければならない必然ではなく単なる手抜きなので、別のテンプレートを使うのはちょっと手直しすれば良いだけです。

quick hack するなら、ccenter/index.php の中で cc_notify_mail($tpl, ...) の $tpl 部分で渡しているテンプレート名を変えてやればよいでしょう。(214行が返信用、230行が担当者用、233行が担当グループ用) となります。

配布用コードとしては、テンプレートをオプション指定で変更できるように直したいと考えています。