当然です。

interwiki の情報は /maintenance/ 以下にある sql ファイルなどは読み込んでおらず、データベース上の interwiki (だっけ?) テーブルを参照しているため、まったく無関係なものを操作しています(厳密には無関係ではないが)。

そのため、interwiki を追加したい場合、 Extension:Interwiki を導入なさるか、phpMyAdmin などを用いてデータベースへアクセスし、適切なSQL クエリーを実行してください。