個別サイトの内部事情を考慮することは基本的に行いません。
詳細に立ち入り記録したり調べたりすること自体が管理コストになるからです。

サーバーに影響しない範囲なら好きに使って良い、が基本的な運営方針なのです。
公園利用と同じようなもので、大人しくスペースを使ってるなら何をするのも自由です。

先日のサーバー移行でディスクの余裕が生まれたので、勝手に削除することはしばらくないと思います。予想を超える事態が起こらなければ、ではありますが。