ルールとして、姉妹サイトは名前空間で作りなさいという風にすれば多少はましになるのではないでしょうか。

質問です。MediaWikiサイトにおいて、長期に渡ってスパムボットにサイトを衝かれ、大半がスパムボットの投稿で埋め尽くされるレベルまで達している場合、ブロック・削除などの対処もデータ容量の無駄な容量食いになる可能性があります。このような場合、出来ることなら一度サイトを削除し、保管した方が望ましいでしょうか。

これまでの利用状況を見る限り、ディスクスペースを一番消費しているのは作ったサイトを使わないケースです。
実験で使ったけど、二度と使わず残しているケースもあります。

利用者には片付けるインセンティブがない仕組みが問題なのでしょう。
空き領域が足りないと、新規作成を自動的に止めるようにすれば利用者も意識するようになるかな。

ディスクの空き容量を表示するシステムにするのはどうですか? 空き領域が足りないと、新規作成を自動的に止めるようにするのは良い策であると思います。

空き容量が足りなければサーバーにmkdir出来なくなるのでシステムの都合上勝手にストップします。

取り敢えず、空きディスク容量が 3% を切ったら新規作成ができないようにしています。
サイト構築の作成ボタンがエラーメッセージに変わるだけですが。

@nobuさん

phpのアップデートにより、いくつかの(これまで編集が行われてきた)サイトがエラーでアクセスできなくなっています。こればかりはオーナーの帰還とアップデートを待つしかありませんが、エラーを長期不使用と誤認されて消されるのは辛いので、以下のサイトを除外して頂けると助かります:
vikipedia.myht.org - UsoWiki氏がオーナー、私がwiki上の管理者で、私がかなり最近まで定期的に編集していました。
usomedia.myht.org - こちらはこの数年編集されていませんが、データが残っているため削除は待っていただきたいです。

私もテストサイト等削除しますので、ご配慮のほど宜しくお願いします。

個別サイトの内部事情を考慮することは基本的に行いません。
詳細に立ち入り記録したり調べたりすること自体が管理コストになるからです。

サーバーに影響しない範囲なら好きに使って良い、が基本的な運営方針なのです。
公園利用と同じようなもので、大人しくスペースを使ってるなら何をするのも自由です。

先日のサーバー移行でディスクの余裕が生まれたので、勝手に削除することはしばらくないと思います。予想を超える事態が起こらなければ、ではありますが。