nobuさんありがとうございます。

引用：

一度複製してしまったものを、コピーしても OK なので、他のマシンや仮想環境を使って複製して Windows 上にコピーするのもひとつの方法でしょう。

一旦、レンサバにアップしてからphpコマンドを実行したら複製できました。
その後tar.gzで圧縮してダウンロードして中身を確認しました。

新しく
sql/mysql_(dirname).sql
templates/(dirname)_(templatename)
ができているのも確認できました。
templates/以下にeguide_(templatename)が残っていたのですが、削除して問題ありませんよね。

(追記08/07/04）
テンプレート名がeguide_(templatename)から(dirname)_(templatename)に変更になっていますが、PHPファイルでは
$xoopsOption['template_main'] = 'eguide_index.html';
の様に古いファイル名のままですね。
eguideモジュールを複数インストールするには、この部分をひとつずつ直さなければですね。
私はディレクトリ名を変えるだけでよかったのでxoops_version.phpの対応箇所を
$modversion['templates'][]=array('file' => $myprefix.'_item.html',
				 'description' => _MI_EGUIDE_EVENT_ITEM_TPL);
から
$modversion['templates'][]=array('file' => 'eguide_item.html',
				 'description' => _MI_EGUIDE_EVENT_ITEM_TPL);
とする方法で解決しました。
次回バージョンアップの際はこの部分も
$xoopsOption['template_main'] = $myprefix.'_index.html';
と変更した方がよさそうですね