更新された eguide 2.53→2.61 の間で functions.php に assign_module_css() の関数が追加されています。
そこで更新時に functions.php が古いものが残っていたら、ご報告にようなエラーになると思います。

更新はどういう手順で実行されたでしょうか?
もし特別な改造を行っていないなら、複製側を一度削除して複製しなおすのが良いでしょう。
$ rm -rf entry*
$ php eguide/duplicate.php entry101 entry102 entry103 entry104 ...

ちゃんと更新できているか確認するには、XoopsUpdate を使うのもよいでしょう。