XOOPS モジュール複製はよく理解して使わないと扱いが難しいってところでしょうか。
(さっさと eguide を D3 化しろ、って話もあるけど)

基本的に、eguide の複製は基本的に単純なコピー [*1] なので、更新はすべてのコピー先もあわせて行う必要があります。

[*1] 複製スクリプトは、複製のほかテンプレートなどの一部のファイルをコピーごとに追加生成しています。

複製して大規模に運用するのであれば、再複製 (削除して duplicate.php 実行) のスクリプトを用意し更新を行うのが良いでしょう。

ちなみに、付属の複製スクリプト (duplicate.php) は、unix のハードリンク機能を使って複製を行います。このため複製を作ってもディスク領域をあまり消費しないのですが、その性質を知らずにファイルを操作すると思わぬ副作用が発生します。
今回の更新障害はハードリンクされたファイルを更新 (上書きとリンク切れの混合状態) により生じた現象でしょう。