nobuさん、いつもありがとうございます。
30数個のうちとりあえず一つだけ再複製してもらいました。

当該モジュールは稼動したまま（インストールしたまま）コマンドラインを実行してもらいました。
その後、管理画面でモジュールのアップデートを行ったところ、開催日の編集とオプション変数にチェックボックスが表示され、さらに複製として新規登録イベントのチェックボックスも表示されましたのでアップデートができたものと思いますが、こんな手順でよかったのでしょうか？


イベントの追加や編集、申込なども行ってみましたが特に問題はなかったように思います。
ただし、新規イベントに対して開催日の編集を行ったところ、最初の一回だけ、

Notice [PHP]: Undefined index: mods in file modules/entry104/editdate.php line 38
Notice [PHP]: Undefined index: exps in file modules/entry104/editdate.php line 39

というエラー（？）が出ました。
同じイベントに対して2度目、3度目の開催日の編集では出ませんし、動作上も特に問題ないように思われるのですが、なにか不都合があるようでしたらアドバイスをお願いします。

何よりも、すべて一から再構築を覚悟していたので、今までのイベント情報（フォームなど）がそのまま残っていたことがとてもありがたかったです。
もうしばらく様子を見て、すべてのモジュールを再複製してもらう予定です。

取り急ぎご報告まで。
ありがとうございます。